B. Perrett撰文称在1949年10月中华人民共和国成立后,钱学森曾向美国移民局提出了入籍归化的申请[20][21]。然而,除了前述以个人名义发表在《Aviation Week & Space Technology》的引文及其译文外,目前没有任何公开的关于钱学森曾申请入籍美国的书面文件;同时钱学森夫人蒋英表示钱不可能提出加入美国籍[16]。由于当时冷战开始,加上1950年美国麦卡锡主义盛行,反共思想高涨,而联邦调查局又从美国共产党的文件中发现钱学森曾与周恩来特使接触以及参加过共产党外围组织的一些活动,美方禁止其参加机密工作[22][23]。钱学森无法继续他的研究。两星期后钱学森告知学校其去中国探亲之意愿,学校并无异议且愿意配合。但是当时海军部次长丹·A·金布尔知道后,认为以钱学森涉及美军机密工作之深,在当时中美苏关系恶劣状况之下,应设法劝阻其访中为宜。联邦调查局仅凭钱学森早年参加过的共产党组织社交餐会出席人士名单,指控他在入籍申请中故意否认曾加入共产党外围组织不报。司法部藉“伪证”罪吊销他的机密工作许可并将他驱逐出境[24]。美国司法部于1950年8月30日起钱学森临时拘留在特米诺岛监狱里15天[20][25][26][27]。由于加州理工学院的不懈努力和抗争,钱学森很快被取保候审。为了确保自己人身自由得到合法保障,钱学森重金聘请纽约市知名辩护律师格兰特·古柏(Grant Cooper)代表出庭,与美国移民局展开了长达5年的法庭斗争[28]。金布尔知道司法部的行动后也表示震惊:“我的意思不是要逮捕他,太可怕了,他不是共产党,我们不应当监禁他。”[29]“这是这个国家干过的最蠢的事。他不是共产党正如我不是共产党,而我们强迫他离开了。”[30]
1951年4月26日,钱学森被禁止离开洛杉矶县。[31]
钱学森的上诉案件直到1954年才被判败诉。在上诉五年期间,钱学森只能涉及一些基础学科的研究与教学。联调局认为钱学森所知的机密信息五年后就会变得过时而没有用处。他在这段时间里完成了工程控制论的研究。钱学森后来幽默地说,“不让我做研究,我会在这里(用手指头)发展”。在中美关系正常化后,钱获颁杰出校友奖受到加州理工学院邀请。该奖项后于2001年由加州理工学院好友法兰克·马波(Frank E. Marble)教授[32]及夫人送达钱学森家中(马波教授于1955年钱学森离美时亲自去洛杉矶港口送行,而钱也在离开美国的时候发誓再也不来美国)[33]。《航空周刊》在提名钱学森为2007年度风云人物时的专文,对这段历史的记述也大致吻合。